1.1.2.B. 續
- 地理分布
達爾文先生在面對其學說的另一項反對意見時，同樣表現得相當坦率。他說：「轉向地理分布的問題，『藉由變異而傳承』（descent with modification）這一理論所遭遇的困難確實相當嚴重。同一物種的所有個體，以及同一屬甚至更高分類群的所有物種，必然都是源自共同的祖先；因此，無論牠們現在分布於世界上多麼遙遠且孤立的地區，在歷經無數世代的過程中，牠們必然是從某一個點遷徙到其他所有地點的。」當我們想到這點適用於軟體動物和甲殼類動物——這些移動能力極其有限的生物——時，這種從單一中心向外進行的幾乎普遍性的分布，似乎是不可能的。達爾文對此的回答，與他回應前述困難的方式如出一轍。他將自己寄託於無限時間長度所帶來的可能性。沒有人能說出在過去那無法計算的漫長歲月中，究竟「可能」發生過什麼事。他說：「若審視地理分布，如果我們承認在漫長的歲月中，由於過去氣候與地理的變遷，以及許多偶然且未知的散布方式，世界各地之間確實存在大量的遷徙，那麼在『藉由變異而傳承』的理論下，我們就能理解分布現象中大多數主要的關鍵事實。」每個人都看得出來，這類推論是多麼缺乏說服力。如果我們承認在無垠的過去中，許多未知的事情可能已經發生，那麼我們確實可以理解大多數（但非全部）與物種起源理論相悖的事實。對於不斷訴諸無限時間所產生的未知效應，我們也可以作同樣的評論。達爾文先生說：「我們之所以不願承認一個物種能產生其他截然不同的物種，其主要原因在於，對於任何我們看不見其演變步驟的巨大變化，我們總是反應遲緩……人類的心智根本無法掌握一千萬年這個詞彙的全部含義；它無法累加並感知在近乎無限的世代中，無數微小變異所累積的全部效應。」如果我們說猿猴在歷經數千年的歷史時期中，並未表現出絲毫趨近於人類的跡象，我們得到的回答卻是：啊！但你不知道牠在這一千萬年內會做些什麼。對此，最充分的回應便是反問：一千萬乘以零，結果是多少？
一般大眾不僅果斷地，甚至帶著憤慨拒絕了這套達爾文理論，這不僅是因為它要求人們接受那些僅僅是「可能」的事物為已被證實的真理，更是因為它將世間處處可見的奇妙目的與設計，歸因於盲目且無知的因素；並且，它有效地將神從祂的創造之工中驅逐出去。對於這些人而言，得知該理論在科學基礎上遭到絕大多數科學家的反對，是一種慰藉。達爾文先生自己也說：「此處討論的幾個困難，即：儘管我們在岩層中發現了現存物種與過去物種之間的許多連結，但我們並未發現無數細微的過渡形式將牠們緊密地結合在一起；幾個完整的物種群在我們的歐洲地層中突然出現；以及目前所知，在寒武紀地層之下幾乎完全缺乏富含化石的地層，這些無疑都是最嚴重的問題。我們從以下事實可以看出這一點：最傑出的古生物學家，即居維葉（Cuvier）、阿格西（Agassiz）、巴朗德（Barrande）、皮克泰（Pictet）、法爾康納（Falconer）、E. 福布斯（E. Forbes）等人，以及我們所有最偉大的地質學家，如萊爾（Lyell）、默奇森（Murchison）、塞奇威克（Sedgwick）等人，都一致且經常激烈地主張物種的不變性。」
1830年，巴黎科學院曾針對此議題進行過一場冗長的辯論，居維葉站在物種永恆性以及受終極目的所支配的創造與組織這一邊；而聖伊萊爾（Geoffroy St. Hilaire）則站在物種衍生與可變性的一邊，並如歐文教授（Professor Owen）所言，「否認了設計的證據，並抗議推導出目的的作法。」當時的裁決幾乎一致支持居維葉；從1830年到1860年，幾乎沒有人反對居維葉所倡導的學說。畢希納（Büchner）認為，這是經驗主義（訴諸事實）對抗受「先驗思辨」（Apriorische Speculationen）所引導之哲學的勝利。公認是當代首屈一指的博物學家阿格西教授，在評論達爾文的著作時作了如下總結：「如果變異理論為真，地質紀錄應當展現出類型之間不間斷的連續性，並逐漸融合。事實卻是，在整個地質時代中，每個時期都以明確的物種類型為特徵，這些物種屬於明確的屬，再歸屬於明確的科，並可追溯至明確的目，構成明確的綱與明確的門，且皆建立在明確的藍圖之上。除非能證明自然界的事實被收集者誤解了，且其含義與目前普遍認定的不同，否則我將視變異理論為一項科學錯誤，其事實不實、方法不科學，且傾向具有破壞性。」因此，如果物種是不變的，那麼它們的存在必然歸因於神的中介或直接作為，且無論哪種方式，其運作皆是為了回應神聖心智中的思想與目的。更重要的是，人類的起源並非源自低等非理性生命形式的逐漸演化，而是源自其造物主的大能，人類正是照著祂的形象被造的。
- 泛生論（Pangenesis）
達爾文先生在《物種起源》中提到了「泛生論假說」，並稱他在另一部著作中對此進行了闡述。由於該假說被用來輔助上述理論，它有助於說明該理論的本質，並讓我們得以洞察作者的思想特徵。米瓦特先生（Mr. Mivart）指出，泛生論假說可以表述如下：「每個生物體最終都是由近乎無限數量的微小顆粒或有機原子所組成，稱為『芽球』（gemmules），每一個芽球都具有複製其種類的能力。此外，這些顆粒在組成生物體的過程中自由循環，並源自該生物體較近代的祖先在所有狀態與階段中，其各個器官的所有部分；因此也源自這些祖先器官的各個狀態。在大多數動物的卵子與精子中，以及在最低等的動植物中，每個能透過芽殖（gemmation）進行繁殖的部分，都聚集了如此完整的芽球集合。因此，在許多此類低等生物中，其身體的每個部分必然都存在著這類祖先芽球的集合，因為在牠們身上，每個部分都能透過芽殖進行繁殖。達爾文先生顯然必須承認這一點，因為他說：『博物學家常說，植物的每個細胞都具有複製整株植物的實際或潛在能力；但它之所以擁有這種能力，僅僅是因為它包含了源自各個部分的芽球。』」這些芽球是有機原子；數量近乎無限；源自該動植物較近代的祖先的所有器官；儲存在每個卵子或精子中；並具有複製能力。然而，複製作為一種涉及控制物理原因以達成目的的行為，是一項智慧的運作。因此，這些數量多到不可思議且微小的芽球，便是智慧的所在。這絕對不是科學。任何需要此類假說支持的理論，很快就會被拋棄。相信有仙子在塑造每一株植物，都比相信這些芽球要容易得多。
最後值得注意的是，華萊士先生（Mr. Wallace）雖然提倡「自然選擇」學說，卻主張它並不適用於人類；他認為該理論無法解釋人類的原始狀態或現狀；且根據達爾文先生的理論，人類的生理組織、心智能力或道德本性都是無法解釋的。他著作的第十章即專門探討此一主題。